Asker ressamların ikinci kuşağından Hüseyin Zekai Paşa’nın yaşıtları Hoca Ali Rıza ve Halil Paşa’dır. Ancak 20 yaş küçük olduğu halde adı Şeker Ahmet Paşa, Osman Hamdi Bey ve Süleyman Seyyid ile birlikte anılır. 1860 yılında Üsküdar’da doğan sanatçının küçük yaşlarından itibaren resme olan ilgisi Kuleli Askeri Lisesi’nde Osman Nuri Paşa’nın ve Şeker Ahmet Paşa’nın öğrencisiyken de devam eder. Harbiye’de öğrenciyken önceden tanıdığı Hoca Ali Rıza ile dostluğunu sürdürür. 1881 yılında Harbiye Piyade Sınıfı’ndayken yaptığı ‘Boğaziçi’nde Donanma’ tablosu II. Abdülhamit’e sunulur. II. Abdülhamit Hüseyin Zekai Paşa’yı Badire-i Seniye Mülazım Yaveran sınıfına aldırır. Harbiye’deki veya diğer askeri okullardaki yetenekli ve iyi huylu öğrenciler sarayda görevlendirilir. Hüseyin Zekai Paşa yaver olduktan sonra çok çalışarak yeteneğini geliştirir. Sessiz ve sakin bir hayat sürdüğü sarayda bir yıl Şeker Ahmet Paşa’nın yanında çalışır. 1908 yılında Birinci Redif Tugay Komutanı unvanıyla emekli olur.
Yurtdışında eğitim görmez ama sürekli öğrenme ve kendini aşma isteği içindedir. Paris’teki sanat hareketlerini takip eder. Devrinin ustalarından çok şey öğrenir. Kaynaklarda onun Avrupa müzelerini gezmiş kadar bilgili olduğu belirtilir. Resim dışında arkeoloji, mitoloji, mimari ve tasavvuf gibi konulara da ilgi duyan ileri görüşlü bir aydındır. Türk El sanatlarının örneklerinden - oymalar, yazmalar, tezhipler, yemeni oyaları, mendiller, işlemeli elbiseler…- zengin bir koleksiyona sahiptir. Yabancı sanatçı konuklarını da ağırladığı Salacak’taki konağını müze gibi eski eserlerle donatan ressamın 1913 yılında 224 sayfa ve 50 bölümlü ‘Mübeccel Hazineler’ adlı bir kitabı basılır. İçerikte mimari anıtlar, güzel sanatlar, arkeoloji ve süsleme gibi konular yer alır. 19 x 21 cm boyutlarında, 111 sayfa ve 70 desenden oluşan ‘Bedayi-i Asar-ı Osmaniyye’ adlı kitabında ise Osmanlı Cami mimarisi, Sultanlar, İslam büyükleri ve tasavvuf düşüncesi ele alınır. Her ikisi de sanat tarihi bilgileri içeren anı kitaplarıdır.